Az APEH átalakításáról döntött az a kormányrendelet-módosítás, amely október 1-jével lép hatályba. A főbb változások érintik a regionális igazgatóságokat, illetve a honvédséggel és nemzetbiztonsági szolgálatokkal kapcsolatban álló adózók ellenőrzését.

2010. október 1-jétől a regionális igazgatóságok főigazgatóságokká alakulnak, és területi hatályuk a teljes országra kiterjed, amennyiben az ellenőrzés az ő illetékességi területükön kezdődött, illetve ha egyes eljárási cselekmények foganatosítása szükséges az ellenőrzés befejezéséhez. Az ellenőrzést az adózó székhelyén vagy ahhoz közeli hivatali helyiségben kell lefolytatni.

A honvédséggel és nemzetbiztonsági szolgálatokkal kapcsolatban állt vagy álló adózók ellenőrzésére október 1-jétől már az APEH is jogosult lesz, méghozzá az új igazgatóságon keresztül, amely a Kiemelt Ügyek Igazgatósága elnevezést kapta. A szerv székhelye Budapest lesz, de az ország egész területén végezhet ellenőrzést.

A regionális szervek mellett létrejönnek megyei és fővárosi igazgatóságok.